英国秘密情報部のマグナス・ピムは父の葬儀のため、ウィーンの大使館から一時、ロンドンへ戻ったが、その後、忽然と姿を消してしまった。事態を重く見た情報部は直ちに捜査を開始。一方、その頃、ピムはイギリスの片田舎にある隠れ家に籠って、これまでの自身の半生を綴っていた。徐々に明らかになっていくピムの過去。なぜ彼は失踪したのか？