私立泥門（でいもん）高等学校に通う気弱な高校生、小早川瀬那は入学早々ひょんなことから泥門高校アメフト部「泥門デビルバッツ」に主務として入ることになった。その帰り道、彼をパシリにしていた不良たちに絡まれ、逃れるために泥門駅まで爆走して駆け込み乗車をした。それを目撃したアメフト部主将 ヒル魔に翌日強制的に選手にされ、唯一の取り柄である俊足で選手登録名「アイシールド21」として春大会を戦うことになる。

初戦は助っ人を多数借りながらなんとか勝ったものの、次の試合には強豪「王城ホワイトナイツ」に敗れてしまう。しかしセナは、最強のラインバッカーである進に、心の底から勝ちたいと思い始める。元野球部のモン太を加えて「賊学カメレオンズ」に大勝し、さらに新メンバー雪光、小結、ハァハァ3兄弟（十文字・黒木・戸叶）も加わって「太陽スフィンクス」と引き分けるが、「NASAエイリアンズ」に惜敗。

その後、アメリカに連れてこられたデビルバッツメンバーは、そこで前身「麻黄デビルバッツ」時代のトレーナーどぶろくと会い、強化プログラム「死の行軍（デスマーチ）」で特訓を行う。途中、瀧兄妹と知り合いながらも脱落者0で完走。秋季東京大会を勝ち上がり、そして全国大会決勝（クリスマスボウル）出場を仲間達と共に目指していく。

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