「武装錬金 第3巻」
和月 伸宏
定価: -

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3 - 6巻、18 - 47話。1学期。
カズキの前に、斗貴子の上官である戦士長・キャプテンブラボーが現れ、自らの信念を疑うならば戦い続けろと語り、カズキは正式に錬金の戦士となる決意をする。 一方、Dr.バタフライ率いるLXE（超常選民同盟）は、パピヨンを修復して仲間に加え、ホムンクルスの食料源として銀成学園を狙う。LXEの信奉者でもある銀成学園の生徒・早坂姉弟はカズキ達を殺そうとするも敗れ、錬金戦団に保護される。カズキは正式に戦士の試験を受け、晴れてキャプテンブラボーから錬金の戦士と認められる。一方、パピヨンは事前に入手した核鉄を利用して離反する。
Dr.バタフライは「裏切りの戦士」を復活させるため、銀成高校をホムンクルス集団と共に襲い、学園を救うために駆け付けたカズキ達と戦う。そこに離反したパピヨンも現れ、Dr.バタフライを殺すが、裏切りの戦士・ヴィクターは復活を果たす。カズキはヴィクターに戦いを挑むが、自らに埋め込まれていた「黒い核鉄」によって「第三の存在」となった。黒い核鉄の力によって、カズキはヴィクターを撤退させることに成功する