劇場版第2作。物語は前作の続編で、黒騎士の登場や、車掌さんの正体が明らかにされるなど話題も多かった。
地球に帰還し機械人間と戦い続ける鉄郎は、メーテルからのメッセージを受け取り再び999号に乗り込んだ。やがてラーメタルという星で若者ミャウダーと出会った鉄郎は、“メーテルがプロメシュームの跡を継いだ"という噂を聞いてしまう。程無くメーテルと再会を果たす鉄郎だが、メーテルはなぜか鉄郎に早く999を降りるようにすすめるのだった。そして黒騎士との戦い、謎の幽霊列車との遭遇を経て、999号は終着駅の惑星大アンドロメダに到着するが・・・。

【声の出演】
星野鉄郎:野沢雅子
メーテル:池田昌子
メタルメナ:麻上洋子
車掌:肝付兼太
キャプテンハーロック:井上真樹夫
クイーン・エメラルダス:田島令子
ミャウダー:富山敬
プロメシューム:来宮良子
黒騎士:江守徹
ナレーター:城達也

【スタッフ】
企画・原作・構成: 松本零士
製作総指揮:今田智憲
企画:有賀健・高見義雄
脚本:山浦弘靖
監督:りん・たろう
作画監督:小松原一男
美術監督:椋尾篁
美術:窪田忠雄
音楽:東海林修
主題歌 『SAYONARA』 歌:メアリー・マッグレガー